سودمندترين و دقيق‌ترين حواشى است و حاشيه‌اى ديگر ، بر حاشيه جلالى دارد كه به اتمام نرسانيد . و اين حواشى بخشى از آن مربوط به اوايل حاشيه جلالى و پاره‌اى ديگر از آن ، ويژهء برخى از آن حاشيه است و تقريبا دو جزء تدوين شده ، و حاشيه‌اى ديگر ، بر الهيات شفا دارد كه اصلا بدانها مراجعه نكرده است . ازآن‌پس كه استاد فاضل ( محقق سبزوارى ) در حاشيه‌اى كه بر شفاى بو على داشت ، و نظريات محقق خوانسارى را رد مىكرد ، محقق خوانسارى حاشيه‌اى ديگر ، به منظور ردّ نظريات استاد فاضل تدوين نمود ، و اين حاشيه ، از آخرين تأليفات اوست . و رساله‌اى در بيان مقدمه واجب تدوين كرده و در اين رساله ، نظريات فاضل قزوينى ، و فاضل نائينى ، و استاد فاضل را مردود دانسته است ، و رساله‌اى در مسائل متفرقه تدوين نمود و در اين رساله ، به رد نظريات شاگردش ، استاد علامه ، ملا ميرزا شيروانى پرداخت ، و به تتبّع آثار او برآمد ، و هركجا كه به خلافى برخورد نموده ، به مؤاخذهء او اقدام نموده است ، به دنبال آن استاد علامه رسالهء مجزايى تدوين كرده و همگى نظريات او را جواب داده است ، و مطالب مورد بحث ، مربوط به حكمت و منطق و كلام و اصول و امثال آن بوده است و اين هم آخرين تأليفات اوست . محقق خوانسارى حاشيه‌اى ديگر ، بر حاشيه جلالى دارد ، و اين حاشيه كه ناتمام مانده و پاكنويس نشده است به طورى كه از خود محقق شنيدم مىفرمود : آن‌گاه كه به فراگيرى شرح اشارات اشتغال داشتم ، اين رساله را تدوين كردم و مفقود شد ، و اين حاشيه از آثار اوّلى اوست ، و نيز رساله‌اى در شبهه‌هاى متفرقه چندى دارد ، از آن جمله شبهه در ايمان و كفر كه در ضمن آن به پاسخ‌هاى آن‌ها هم پاسخ داده است ، و رساله‌اى در تشكيك دارد ، كه از فائده‌هايى ارزنده ، برخوردار است ، و رساله‌اى مختصر ، در مسأله